博物馆下设文物部、生物部、办公室和安保部。其中,文物部下设2个中心,即文物保管中心和文物账目管理中心。生物部下设3个职能部门,即生物标本馆、生物展示馆、标本制作室。文物部和生物部共同为科普资源开发中心、科普展示策划与学术交流中心提供业务指导。
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